Καταγγελίες για παρεμβάσεις στο έργο του ως οικονομικός εισαγγελέας κάνει ο Σπύρος Μουζακίτης δεκαπέντε μήνες μετά την παραίτησή του, σε συνέντευξή του στο Πρώτο Θέμα.
Θεωρεί πως η ρύθμιση, τον Ιανουάριο του 2013, του τότε υπουργού Δικαιοσύνης Αντώνη Ρουπακιώτη με την οποία θεσπίστηκε ο θεσμός του Εισαγγελέα Εγκλημάτων Διαφθοράς ήταν μήνυμα προς τον ίδιο και τον συνάδελφό του Γρηγόρη Πεπόνη «κύριοι, κάτω τα μολύβια, είστε αναρμόδιοι, δεν μπορείτε να συνεχίσετε"». Και αυτό όπως σημειώνει ενώ είχαν «ανοικτές» υποθέσεις και σε εκκρεμότητα κλήσεις για απολογίες και πολιτικών προσώπων.
Προσθέτει ότι οι δικογραφίες που χειρίζονταν επέστρεψαν πάλι στους νέους οικονομικούς εισαγγελείς όταν, μετά από δύο μήνες και αφού είχαν παραιτηθεί οι ίδιοι, θεσπίστηκε μεταβατική διάταξη. Προσθέτει πως «στο διάστημα που δουλεύαμε τη λίστα Λαγκάρντ ήμασταν συνεχώς υπό την απειλή άσκησης πειθαρχικής δίωξης».
Αναφέρει ότι σχέδιο νόμου που προωθούσε ο Μιλτιάδης Παπαϊωάννου, ως υπουργός Δικαιοσύνης, επιχειρούσε την κατάργησή τους λόγω συγκεκριμένων ποινικών προκαταρκτικών δικογραφιών που είχαν ανοίξει. Υποστηρίζει ότι συνεπεία αυτών δεν τους παρασχέθηκε υλική και οργανωτική βοήθεια. Εκτιμά ότι η δικογραφία που ενόχλησε περισσότερο ήταν εκείνη με τα δάνεια των κομμάτων, «μια και είχαν χορηγηθεί χρήματα από τις τράπεζες χωρίς εμπράγματες ασφάλειες».
