Τα Αστερούσια είναι μια από τις σπουδαιότερες κοιτίδες του χριστιανισμού και του μοναχισμού στην Κρήτη. Εδώ καταγράφεται η μεγαλύτερη πυκνότητα σε σκήτες και τόπους λατρείας γεγονός που δικαιολογεί τον τίτλο που τους έχει αποδοθεί ως το Άγιο Όρος της Κρήτης.
Η μορφολογία του εδάφους, η μακρινή απόσταση από τις πόλεις και τα χωριά, το πλήθος των σπηλιών, τα φαράγγια, τα απόμερα μέρη και οι κλιματολογικές συνθήκες, καθιστούσαν τον τόπο ιδανικό για την άνθηση του μοναχισμού και ιδιαίτερα του ασκητισμού.
Την Παλαιοχριστιανική και Πρώτη Βυζαντινή περίοδο (324-826) η περιοχή ήταν ένα από τα πιο σημαντικά κέντρα της ορθοδοξίας. Κατά την Αραβοκρατία (826-961) περίοδο που ολόκληρη η Κρήτη πέρασε μεγάλη δοκιμασία από σφαγές και λεηλασίες λόγω των επιδρομών των Σαρακηνών πειρατών, τα Αστερούσια και ο μοναχισμός ήταν επόμενο να παρακμάσουν. Οι απομονωμένοι κόλποι και λιμάνια όλης της νότιας ακτογραμμής τους γινόταν στόχος και ορμητήριο των πειρατών που έσφαζαν τους μοναχούς και λεηλατούσαν τα μοναστήρια και τα χωριά.
Με την απελευθέρωση της Κρήτης το 961 από το βυζαντινό στρατηγό Νικηφόρο Φωκά (Β΄ βυζαντινή περίοδος 961-1204), αρχίζει μια νέα περίοδος κοινωνικής, οικονομικής και πνευματικής αναγέννησης της Κρήτης και όλης της περιοχής των Αστερουσίων που έπαιξαν σημαντικό ρόλο σε αυτή την αναγέννηση.
Κατά την ενετοκρατία (1211-1669) η περιοχή γνωρίζει άνθηση και ακμή. Τα μοναστήρια και ερημητήρια των Αστερουσίων γίνονται κέντρα αντίστασης ενάντια στην προσπάθεια των Ενετών να εκλατινίσουν την Κρήτη. Πολλοί λόγιοι μοναχοί έδρασαν στην περιοχή αυτή για την ενίσχυση της θρησκευτικής και εθνικής συνείδησης των Κρητών. Κάτω από την κορυφή του Κόφινα στην τοποθεσία Λουσούδι (Δήμος Γόρτυνας) ο ιερομόναχος Ιωσήφ Φιλάγρης ίδρυσε το 1361-62, τη μονή των Τριών Ιεραρχών όπου λειτουργούσε διδακτήριο και κέντρο αντιγραφής χειρογράφων. Την εποχή αυτή αναβιώνει ο μοναχισμός, ιδρύονται ή αναστηλώνονται και επαναλειτουργούν μοναστήρια και παλιές σκήτες και αναπτύσσονται σε κέντρα γραμμάτων και τεχνών, ιδιαίτερα της αγιογραφίας. Είναι η περίοδος που αγιογραφούνται τα μοναστήρια και παρεκκλήσια των Αστερουσίων με σπουδαίες τοιχογραφίες και φορητές εικόνες μεγάλων αγιογράφων της Κρητικής Σχολής. Λόγω του πλήθους των μοναχών και ασκητών που ζούσαν εκείνη την εποχή στα Αστερούσια αναφέρονται σε κείμενα ως Ερημούπολη.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας (1669-1898) τα μοναστήρια των Αστερουσίων ανέπτυξαν πολύ σημαντική δράση. Έγιναν καταφύγια και ορμητήρια επαναστατών και βοήθησαν υλικά και ηθικά στους απελευθερωτικούς αγώνες. Λειτουργούσαν κρυφά σχολειά όπου μάθαιναν τα παιδιά ανάγνωση και γραφή.
Κατά τα πρώτα χρόνια μετά την απελευθέρωση της Κρήτης από τους Τούρκους, έδρασαν στην περιοχή δυο πολύ σπουδαίοι μοναχοί: ο Όσιος Παρθένιος και ο Όσιος Ευμένιος. Οι δύο πατέρες, ίδρυσαν τη Μονή Κουδουμά, το μεγαλύτερο μοναστικό κέντρο των Ανατολικών Αστερουσίων που εκείνα τα χρόνια γνώρισε μεγάλη ακμή. Με το θάνατο των δύο οσίων και περίπου από το 1920 και μετά, ξεκίνησε η περίοδος παρακμής του μοναχισμού στα Αστερούσια που συνεχίζεται και μέχρι σήμερα. Τα μοναστήρια υπολειτουργούν με λίγους μοναχούς, η μονή του Αγίου Παύλου εγκαταλείφθηκε, το ίδιο και στο Μαριδάκι και στις Τρεις Εκκλησιές.
