Αγία Γαλήνη: Το λιμάνι που πέταξαν ο Δαίδαλος και ο Ίκαρος
Η Αγία Γαλήνη είναι χτισμένη στην τοποθεσία του αρχαίου λιμανιού της μινωϊκής Συβρίτου (σημερινός Θρόνος Αμαρίου) που ονομαζόταν Σουλία. Έχουν βρεθεί αρκετά αρχαιολογικά ευρήματα σε ανασκαφές που έχουν γίνει στην περιοχή. Δίπλα στον ποταμό, έχουν βρεθεί κολόνες και λείψανα ιερού, που ήταν αφιερωμένο στην θεά Άρτεμις. Επίσης, έρευνες έφεραν στο φως ναυάγιο ρωμαϊκού πλοίου του 3ου μ.Χ. αι., στο οποίο βρέθηκαν ειδώλια, λυχνάρια, προτομές, χάλκινα αντικείμενα που σήμερα εκθέτονται στο Μουσείο Ρεθύμνου. Η Σουλία καταστράφηκε από τους Σαρακηνούς το 640 μ.Χ.
Όταν την παλιά θρησκεία διαδέχθηκε ο Χριστιανισμός, πάνω στα ερείπια του ναού της Αρτέμιδας, χτίστηκε η Μονή του Γαλήνιου Χριστού. Στο νεκροταφείο του οικισμού, λίγο έξω από το χωριό, σώζεται η παλιά εκκλησία της Μονής, η Κοίμηση της Παναγίας.
Επίσης, δίπλα στο λιμάνι, στα δυτικά του, ορθώνεται ο βράχος από τον οποίο, σύμφωνα με την παράδοση, πέταξαν ο Δαίδαλος κι ο Ίκαρος, για να δραπετεύσουν από την Κρήτη. Έχει κατασκευαστεί κι ένα μνημείο στο σημείο αυτό, με δύο αγάλματα, για να θυμίζει τους δύο πρώτους αεροπόρους της μυθολογίας.
Αρκετές εκδοχές έχουν ακουστεί για την προέλευση του ιδιαίτερου ονόματος της Αγίας Γαλήνης. Μια από αυτές αναφέρει ότι όταν μια βυζαντινη πριγκήπισσα ταξίδευε προς τους Άγιους Τόπους με το πλοίο της, έπεσε σε μεγάλη τρικυμία. Τότε προσευχήθηκε στην Παναγία, ζητώντας την βοήθεια της, και της έταξε να κτίσει ένα ναό, στο σημείο που θα έβγαινε. Πράγματι, το πλοίο κατάφερε να σωθεί και να αράξει στην απάνεμη παραλία του χωριού, που ποτέ δεν σηκώνονται κύματα. Η πριγκίπισσα, πιστή στον όρκο της, έκτισε ένα ναό, τον οποίο ονόμασε Παναγία Γαλήνη, που αργότερα παραφράστηκε σε Αγία Γαλήνη. Ο ναός αυτός είναι η Κοίμηση της Παναγίας στο νεκροταφείο του χωριού. Επίσης, σε χάρτες της Τουρκοκρατίας, έχει βρεθεί η ονομασία Άγιος Γαλήνης. Τέλος, μπορεί να προέρχεται από τις λέξεις "αεί γαλήνη", δηλ. πάντα ήρεμο λιμάνι.