Στο ζήτημα της υπαγωγής ή μη στο Φ.Π.Α. της αμοιβής προσώπου που συμβάλλεται ως ερευνητής σε πανεπιστημιακό ερευνητικό πρόγραμμα ανάλογα με την προέλευση των κονδυλίων, αναφέρεται σε κοινοβουλευτική του παρέμβαση ο Βουλευτής Ηρακλείου Λευτέρης Αυγενάκης, προς τους Υπουργούς Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Πρόνοιας, Παιδείας και Θρησκευμάτων και Οικονομικών κ.κ. Ιωάννη Βρούτση, Κωνσταντίνο Αρβανιτόπουλο και Ιωάννη Στουρνάρα αντίστοιχα.
Από την 1η Ιουλίου 2014, γενικεύεται το καθεστώς πρόσληψης μέσω ΕΣΠΑ, για υπότροφους σε πανεπιστήμια και ερευνητικά ιδρύματα, με συμβάσεις έργου με τα γνωστά μπλοκ παροχής υπηρεσιών. Με βάση την ερμηνεία του υπουργείου, οι ερευνητές που προσλαμβάνονται μέσω ευρωπαϊκών προγραμμάτων θεωρούνται «εργολάβοι» και συνεπώς υποχρεούνται να πληρώνουν ΦΠΑ 23%. Επιπλέον, η πρόσληψη με μπλοκάκια πάνω από ένα ορισμένο ποσό υποτροφιών αυξάνει όχι μόνο το ποσό του φόρου για τον υπάλληλο, αλλά και για το ίδιο το ίδρυμα που έρχεται σε ακόμη πιο δύσκολη θέση.
Όπως επισημαίνει στο έγγραφό του ο Λευτέρης Αυγενάκης: «το πρόβλημα της καταβολής του ΦΠΑ παρουσιάζει δύο πτυχές, ανάλογα με το αν η χρηματοδότηση θεωρείται ευρωπαϊκή ή ελληνική. Στην πρώτη περίπτωση, παρόλο που πολλοί ερευνητές έχουν εξασφαλίσει απαλλαγή από το ΦΠΑ από την ΔΟΥ στην οποία εδρεύουν, οι φορείς (π.χ. Επιτροπές Ερευνών Πανεπιστημίων) από τους οποίους εξυπηρετούνται τα αντίστοιχα προγράμματα δεν δέχονται την απαλλαγή επικαλούμενοι ασάφεια στη νομοθεσία και υποχρεώνουν σε αλλαγή καθεστώτος. Στην περίπτωση όπου η χρηματοδότηση θεωρείται ελληνική, υπάρχουν ερευνητές που ενώ έχουν εξασφαλίσει «απαλλαγή» από τους φορείς που εξυπηρετούν τα αντίστοιχα προγράμματα, η ΔΟΥ στην οποία εδρεύουν τούς υποχρεώνει να εκδίδουν τιμολόγια με ΦΠΑ επικαλούμενη την ασάφεια στη νομοθεσία.»
Μάλιστα ο κ. Λευτέρης Αυγενάκης υπογραμμίζει ότι «με αυτού του είδους την φορολόγηση δεν δίνονται κίνητρα για την ενασχόληση με την έρευνα και την καινοτομία, γεγονός που αποθαρρύνει τους ερευνητές» και ζητά να απαλλάσσονται οι μισθωτοί εργαζόμενοι με «μπλοκάκι» σε ερευνητικά προγράμματα από το ΦΠΑ, ενιαία από όλες τις ΔΟΥ ανεξάρτητα από την προέλευση των κονδυλίων καθότι δεν θεωρείται ότι ασκούν οικονομική δραστηριότητα κατά τρόπο ανεξάρτητο οι μισθωτοί και λοιπά φυσικά πρόσωπα, τα οποία συνδέονται με τον εργοδότη τους με σύμβαση εργασίας ή με οποιαδήποτε άλλη νομική σχέση που δημιουργεί δεσμούς εξάρτησης, όσον αφορά τους όρους εργασίας ή την αμοιβή και συνεπάγεται την ευθύνη του εργοδότη».
