Την Τρίτη 29 Ιουλίου 2014, κατατέθηκε στο Συμβούλιο της Επικρατείας η κοινή αίτηση ακύρωσης της Περιφέρειας Κρήτης, του Πολυτεχνείου και του ΤΕΙ Κρήτης, κατά της με αριθμόν 250/2014 απόφασης της διυπουργικής επιτροπής που δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ 1387Β΄/30-5-2014, με την οποία μεταβιβάστηκε στο ΤΑΙΠΕΔ ακίνητο εμβαδού 119 στρεμμάτων περίπου που περιλαμβάνει εγκαταστάσεις του πρώην Θεραπευτηρίου Ψυχικών Παθήσεων Χανίων.
Η αίτηση ακύρωσης περιλαμβάνει πέντε λόγους ακύρωσης όσον αφορά την παραβίαση της ενωσιακής νομοθεσίας, των κανόνων δημοσιότητας και προστασίας της δημόσιας περιουσίας και την έκδοση κανονιστικής πράξης αντί ΠΔ για την μεταβίβαση και την «αξιοποίηση».
Πέραν δε τούτων επισημαίνονται και μία σειρά από άλλες νομικές εμπλοκές στην όλη διαδικασία, όπως για παράδειγμα το γεγονός ότι συμπεριλαμβάνεται στο όλο ακίνητο και οικόπεδο ιδιώτη, ότι υπάρχουν επιχορηγήσεις από ευρωπαϊκά προγράμματα που κινδυνεύουν να αναζητηθούν πίσω για κατασκευή αμφιθεάτρου κ.α. Τελικός σκοπός της αίτησης ακύρωσης είναι να παραμείνει το ακίνητο του ΘΨΠΧ στην τοπική κοινωνία προς όφελός της, για στέγαση διάφορων δομών, όπως φοιτητών και σπουδαστών και συναφών δράσεων.