Την Πέμπτη (29/9) η κλήρωση της 2ης φάσης του Κυπέλλου

Την Πέμπτη 29/9/2016 και ώρα 10:30 στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας θα διενεργηθεί η κλήρωση για τους αγώνες της 2ης φάσης του Κυπέλλου Επαγγελματικών Ομάδων περιόδου 2016-2017. Στην κληρωτίδα θα μουν 16 ομάδες από τη Super League και άλλες τόσες από τη  Football League. Την Κρητη θα εκπροχωπήσουν ο ΟΦΗ, ο Πλατανιάς , ο Α.Ο.Χανιά και ο Κισσαμικός

Στην πρώτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Super League που κατατάχτηκαν στη λήξη της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος 2015-2016 στις θέσεις ένα έως οχτώ (1 έως 8) της βαθμολογίας.
Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό ένα (1).
Στη δεύτερη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Super League που κατατάχτηκαν στη λήξη της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος 2015-2016 στις θέσεις εννιά έως δεκατέσσερα (9 έως 14) και οι δύο (2) ομάδες που προβιβάστηκαν από τη Football League.
Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό δύο (2)
Στην τρίτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οχτώ ( 8) ομάδες της Β΄ Εθνικής, όπως θα προκύψουν από  τη δημόσια κλήρωση. 
Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό τρία (3).
Στην τέταρτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι υπόλοιπες οχτώ (8)  ομάδες της Football  League.
Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό τέσσερα (4).
Οι οχτώ (8) όμιλοι θα συγκροτηθούν με μία ομάδα από κάθε μία από τις τέσσερις κατηγορίες που θα τοποθετείται σε όμιλο κατόπιν κλήρωσης.
Η συγκρότηση θα ξεκινήσει από την τέταρτη κατηγορία και θα ολοκληρωθεί, με τις ομάδες της πρώτης κατηγορίας.
γ. Σύστημα Διεξαγωγής/ Πρόκριση
Το σύστημα  διεξαγωγής των αγώνων της 2ης φάσης, θα διασφαλίζει, ρητώς, ότι οι δύο ομάδες της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας θα δώσουν δύο (2) αγώνες εκτός έδρας και ένα (1) στην έδρα τους και οι δύο (2) ομάδες της Β΄ Εθνικής θα δώσουν δύο (2) αγώνες στην έδρα τους και ένα (1) αγώνα εκτός έδρας, ως ακολούθως:
1η αγωνιστική: 1Χ2, 4Χ3
2η αγωνιστική: 3Χ1, 2Χ4
3η αγωνιστική: 3Χ2, 4Χ1.
Προκρίνονται στην επόμενη φάση οι δύο πρώτες ομάδες της τελικής κατάταξης κάθε ομίλου