Τους λόγους που τον ώθησαν να ψηφίσει κατά της αναθεώρησης του άρθρου 3 του Συντάγματος, το οποίο και καθορίζει τις σχέσεις Κράτους - Έκκλησίας εξηγεί ο Γιάννης Μιχελογιαννάκης, ο οποίος άλλωστε είχε εδώ και μέρες προειδοποιήσει την κυβέρνηση για την στάση που θα τηρούσε.
Η κυβερνητική πρόταση για την αναθεώρηση της παραγράφου 1 του άρθρου 3 του Συντάγματος, πέρασε με οριακή πλειοψηφία 151 ψήφων. Ετσι, θα τεθεί προς ψήφιση και στη δεύτερη ψηφοφορία της παρούσας Βουλής που ακολουθεί στην Ολομέλεια στις 13 Μαρτίου.
Σύμφωνα με τον Γιάννη Μιχελογιαννάκη, "επικρατούσα θρησκεία στην Ελλάδα είναι η θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού. Γιατί να αναθεωρηθεί το αρ. 3 όταν στην Ελλάδα το 95% είναι Ορθόδοξοι Χριστιανοί; Γιατί να αναθεωρηθεί μια πραγματικότητα όταν μέχρι τώρα είναι αποδεδειγμένο και εμπράκτως ότι σεβόμαστε όλες τις θρησκείες, και μάλιστα όταν δεν υπάρχει καθόλου πνεύμα θρησκευτικού ρατσισμού από τους Ορθόδοξους;".
Υπενθυμίζεται ότι το άρθρο 3 αφορά στους σχέσεις Eκκλησίας και Πολιτείας και ο ΣΥΡΙΖΑ είχε προτείνει να αλλάξει με το «ουδετερόθρησκο», με την κατοχύρωση δηλαδή, της θρησκευτικής ουδετερότητας του κράτους.