Την παραίτηση του από τη θέση του Προέδρου υπέβαλε στη συνεδρίαση του Διοικητικού Συμβουλίου του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη της 16ης Ιανουαρίου 2017, ο Στέλιος Ματζαπετάκης,
Μέσα σε έντονα συγκινησιακά φορτισμένο κλίμα, ο Στέλιος Ματζαπετάκης δήλωσε ότι είναι πάγιο πιστεύω του να υπάρχει εναλλαγή σε κάθε μορφή διοίκησης. Θεωρεί ότι είναι ώρα για ανανέωση στη διοίκηση του Μουσείου και δήλωσε ότι είναι ευτυχής που παραδίδει σε ικανότατους συνεχιστές τον φορέα που δημιουργήθηκε για να τιμά τον μεγαλύτερο Έλληνα Λογοτέχνη. Παράλληλα διαβεβαίωσε ότι ως απλός εθελοντής θα συνεχίσει να προσφέρει στο Μουσείο σε οποιονδήποτε τομέα χρειαστεί, προκειμένου να συνεχίσει την ανοδική του πορεία και να αναδειχθεί σε ένα από τα κορυφαία Λογοτεχνικά Μουσεία στην Ευρώπη.
Τα μέλη του Δ.Σ., σεβόμενα την επιθυμία του κ. Ματζαπετάκη, εξέφρασαν τις θερμές τους ευχαριστίες για την άσκηση της διοίκησης του Μουσείου από τον ίδιο, τονίζοντας ότι στα χέρια του το Μουσείο απογειώθηκε, περνώντας από ένα αβέβαιο παρόν σε μία διαρκή ανοδική πορεία.
Χρέη Προέδρου του Δ.Σ. του Μουσείου ανέλαβε ο μέχρι σήμερα Αντιπρόεδρός του, Καθηγητής Μιχάλης Ταρουδάκης.
